TÜBA Genç Akademi Üyesi Doç. Dr. U. Özgür Şafak Şeker’den Kovid – 19 Tanısına Yeni Sistem
TÜBA Genç Akademi ve Bilkent Üniversitesi Ulusal Nanoteknoloji Araştırma Merkezi (UNAM) Öğretim Üyesi Doç. Dr. Urartu Özgür Şafak Şeker ve ekibi, Kovid-19 tanısı için yeni bir sistem geliştirdi. Bilkent Üniversitesi UNAM ve TÜBİTAK tarafından finansal olarak destelenen projede, Dr. Şeker ve yürütücülüğünü yaptığı Sentetik Biyosistemler Laboratuvarı üyeleri Çisil Köksaldı, Recep Erdem Ahan, Sıla Köse, Nedim Hacıosmanoğlu ve Ebru Şahin Kehribar yer aldı.
Koronavirüs tanısı için yararlanılan RT-PCR yönteminin tüm dünyada ve Türkiye'de yaygın olarak kullanılırken, bu yöntemde genel olarak optik okuma yapabilen bir polimeraz zincir reaksiyon cihazına ve eğitimli personele ihtiyaç duyulmaktaydı; bu sisteme paralel bir sistem oluşturmak üzere Doç. Dr. Şeker ve ekibi sentetik biyoloji yaklaşımlarını kullanarak çalışmalara başladı ve neticede yenilikçi bir tanı sistemi ortaya çıktı. Sentetik biyoloji ve ileri genetik mühendisliği yöntemleri kullanılarak "Koronavirüs tespiti için sentetik anahtar sistemleri" geliştirildi. Sentetik biyolojiyle geliştirilen tanı sistemi 3B teknolojisiyle cihaza çevrildi.
Sistem, herhangi bir karmaşık cihaza ihtiyaç duymadan sadece LED'ler ile mavi ışık verebilen bir sistem kullanarak viral tanı konulmasına olanak sağlayacak bir nükleik asit tabanlı tasarım. Doç. Dr. Şeker ve ekibi tasarımlarını tamamladıktan sonra sinyal gözlemek amacıyla basit bir optik cihazı 3B yazıcıda hazırlayarak sistemlerini oluşturmayı başardı. Bu sistem, tek bir moleküler tasarımla virüsün tanısını sağlayabiliyor. Aynı zamanda, sisteme ait tüm reaksiyonlar oda sıcaklığında gerçekleşiyor. Bu da ekstra bir cihaza ihtiyaç duyulmasını engelliyor. Öyle ki reaksiyonların olduğu test tüplerine mavi ışık tutulduğunda doğrudan yeşil sinyal görülebiliyor. Bu sinyalin oluşması örnek hazırlama dahil bir saatlik sürede sonuç verebilse de bu sürenin kısaltılmasına yönelik çalışmalar da hızla devam etmektedir. Bu moleküler tasarım Sars-CoV-2 tanısına karşı gerçekleştirilmiş ve sonuç sinyalini dışardan bir boya yardımıyla değil kendisi üretebilen bir sistemdir. Sistemin kullanım sırasında herhangi bir karmaşık cihaza, uzmana ihtiyaç duymayacak olması sistemin evlerde de kullanımına olanak sağlayacak bir niteliktir.
Doç. Dr. Urartu Özgür Şafak Şeker kimdir?
1978’de Ankara’da doğdu. 2001'de Hacettepe Üniversitesi, Gıda Mühendisliği Bölümü’nden lisans derecesini aldı. İstanbul Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nde 2003 yılında yüksek lisans, 2009 yılında ise doktora çalışmalarını tamamladı.
Doktora çalışmaları sonrasında, Singapore Nanyang Technology University Elektrik Mühendisliği ve Uygulamalı Fizik Bölümleri'nde 2010-2011 tarihleri arasında doktora sonrası araştırmacı, sonrasında Massachusetts Institute of Technology’de 2011-2014 yılları arasında Elektronik Araştırma Laboratuvarı (RLE) ve Sentetik Biyoloji Araştırma Merkezinde (MIT Synthetic Biology Center) doktora sonrası araştırmacı olarak çalıştı. Doktora çalışmaları sırasında genetik mühendisliği ile oluşturulan peptit ve proteinlerin katı yüzeylerle olan ilişkileri ve teknolojik uygulamaları üzerinde çalışmalarda bulundu. Doktora sonrasında, sentetik biyoloji alanında çalışmalarını sürdürdü, özellikle bu alanın biyomedikal uygulamaları ile nanoteknoloji uygulamaları konusunda çalışmalarda bulundu. Ocak 2014’de Bilkent Üniversitesi, Ulusal Nanoteknoloji Araştırma Merkezi (UNAM) ve Malzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Enstitüsü’nde yardımcı doçent olarak göreve başladı.
2014 yılında TÜBA GEBİP Ödülü sahibi olan Doç. Dr. Urartu Özgür Şafak Şeker halen Bilkent Üniversitesi, UNAM ve Malzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Enstitüsü’nde Sentetik Biyoloji, Genom Mühendisliği, Nanobiyoteknoloji konularında çalışmalarını sürdürüyor.